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亚硒酸主要用在电解锰工业上，每生产一吨电解锰约需1公斤亚硒酸(各工艺略有不同)，电解锰工业约占亚硒酸用量的80%。其次用于饲料工业上生产亚硒酸钠，现在在农工业上也作为含硒农作物的叶面硒肥原料。其他也可用于:分析用,沉淀锆、铪。检定生物碱。氧化剂。制造其他硒化合物和高纯硒。催化剂。
1、用于制高纯硒和其他硒化合物，还是有机合成药物的氧化剂和催化剂
2、用作植物碱之特殊试剂，还可用于沉淀锆、铪和制备硒化合物
3、用作有机化合物氧化剂、催化剂、化学试剂，各种无机硒化合物制造的原料。也在复印机、整流器等中使用。
4、制造其他硒化合物，生物碱检定，氧化剂。与氨反应生成氮和硒，在醇溶液中则生成亚硒酸乙基铵,与肼生成氮和黑色无定形硒，与盐酸羟胺生成氮和红棕色无定形硒，与硝酸生成亚硒酸。